Pular para o conteúdo principal

Questão de Sistemas Operacionais — Comandos — FIOCRUZ 2024

Sistemas OperacionaisComandos
Código
qg145091
Banca
FIOCRUZ
Órgão
FIOCRUZ
Ano
2024
Nível
Superior
Cargo
Tecnologista em Saúde Pública - Bioinformática
No sistema operacional Linux, a interface shell permite tanto executar programas distribuídos com o sistema operacional como desenvolver programas customizados. O comando shell, que permite iterar todos os arquivos fastq no diretório atual e mapeá-los no banco de dados denominado “referencia”, o qual contém o genoma de referência indexado, também no diretório atual, produzindo arquivos .sam como saída, é:
  1. Als *.fastq | bwa mem referencia *fastq > *.sam
  2. Bgrep *.fastq | bwa mem referencia *fastq > *.sam
  3. Cfind *.fastq | bwa mem referencia *fastq > *.sam
  4. Dsearch for *.fastq | bwa mem referencia *fastq > *.sam
  5. Efor i in `ls *.fastq`; do bwa mem referencia $i > ${i/. fastq/.sam}; done
Revelar gabarito e comentário

GabaritoE — for i in `ls *.fastq`; do bwa mem referencia $i > ${i/. fastq/.sam}; done

Link permanente: /questoes/qg145091